Centre for Islamic and Occidental Studies (CIOS) didirikan berdasarkan suatu ide bahwa Islam adalah agama dan peradaban, yang saat ini sedang menghadapi tantangan dari peradaban lain, khususnya Barat. Meskipun tantangan itu bukan hal baru dalam sejarah peradaban Islam, namun perlu dicatat bahwa pada masa lalu, sebelum para ulama berhadapan dengan peradaban asing, pemahaman mereka terhadap konsep-konsep dasar Islam cukup kuat. Mereka menguasai berbagai macam ilmu pengetahuan, misalnya, tentang Al-Qur’an dan hadis, ilmu Tafsir, Fikih, Usul Fikih, Tauhid, dan sebagainya. Sehingga, ketika berhadapan dengan konsep-konsep asing dari India, Persia, Yunani, dan lainnya, mereka memiliki kemampuan untuk mengadopsi atau memodifikasi konsep-konsep tersebut guna dikembangkan dalam kerangka pikir (framework) Islam. Proses inilah yang dewasa ini disebut “Islamisasi Ilmu Pengetahuan Kontemporer".

Kini, umat Islam menghadapi kendala dalam melakukan proses tersebut. Hal ini disebabkan oleh dua hal, yaitu melemahnya penguasaan konsep-konsep penting dalam tradisi intelektual Islam dan besarnya pengaruh konsep-konsep asing dalam pemikiran umat Islam. Mayoritas umat Islam saat ini kurang mendalami ilmu-ilmu Islam dan juga tidak mendalami ilmu-ilmu modern dari peradaban Barat. Maka, tidak heran jika masih banyak di antara mereka lebih menguasai ide-ide Barat (dalam pemahaman agama) daripada konsep-konsep Islam, sehingga mendorong mereka mengadopsi ide-ide dan teori-teori yang tidak Islami secara tidak kritis. Sehingga, bermunculan tokoh orientalis berbaju Muslim yang mengkritik, bahkan mendekonstruksi isi ajaran Islam sendiri.