Sampai hari ini, di dunia Islam, masih banyak kalangan yang beranggapan bahwa agama dan ilmu pengetahuan adalah entitas yang berbeda, bahkan tidak bisa disatukan. Padahal, secara konseptual, ilmu pengetahuan bagi umat Islam bukan hal baru, melainkan bagian paling penting dan asas dari peradabannya. 

Di tengah pergumulan dikotomi agama dan ilmu pengetahuan yang akibatkan dari pengaruh sains Barat modern, muncul kesadaran akan keunggulan sistem ilmu Islam atas sistem ilmu Barat. Dari kesadaran baru ini, muncul beberapa ahli yang menawarkan konsep pengetahuan alternatif yang digali dari ajaran Islam. 

Konsep tersebut adalah integrasi ilmu. Meskipun dalam perkembangannya konsep integrasi ilmu ini memiliki banyak corak dan masih diperdebatkan, namun dalam dunia pendidikan konsep ini telah diusahakan untuk dipakai dan diaplikasikan dalam aktivitas akademis. 

Dalam tulisan ini, akan dilacak akar konsep dan metode integrasi ilmu yang dikembangkan di Indonesia yang kemudian akan diuji secara kritis sejauh mana konsep dan metode integrasi tersebut mampu menjawab persoalan dikotomi keilmuan.